Der Vorstand führt die laufenden Geschäfte der Stiftung nach Maßgabe der Satzung. Er hat die Stellung eines gesetzlichen Vertreters und vertritt die Stiftung.

Der Vorstand der Samariteranstalten besteht aus zwei hauptamtlichen Mitgliedern: einem Theologischen Vorstand, Pfarrerin Ulrike Menzel und einem Kaufmännischen Vorstand, Nicole Drews. Die Schwerpunkte der beiden Funktionen werden im untenstehenden Organigramm deutlich.